Ну у меня все наладилось. Сделал, как описывал ранее. Т.е. дождался, сбора с основных зданий. Отсоединил "головы" составных зданий, переместил на пустое место (обязательно поставить, и подтвердить уведомление о сбросе таймера, чтобы игра зафиксировала сброс таймера), после этого вернул голову обратно к "хвосту". Сделал сбор с остальных зданий, которые не отставали. Таймер у отстающий сравнялся с не отстающими. Сегодня смог сделать сбор со всех зданий. При этом в течении дня время от времени делал изменение (удаление, постройку, смещение) поселения Египет. В основном городе таймеры не слетали. Единственное не смещал ратушу культурного поселения. Может дело именно в ней?